江西都司治所南昌府。下辖南昌卫、袁州卫、赣州卫3卫。以及吉安、饶州、安福、会昌、永新、南安、建昌、抚州、铅山、广信、信丰11个千户所。

任命瞿式耜为华南总督，总督广东、广西、福建、海南、台湾军政。

任命陆富圆担任广东都司指挥使，荣富国担任广西都司指挥使，翁富强担任福建都司指挥使，荀富民担任福建行都司指挥使。

华南总督瞿式耜率领陆富圆、荣富国、翁富强、荀富民本部人马以及巩富铸、於富东、惠富方、甄富盛、曲富世、朱国保10个师12万人马组成华南纵队，开赴华南地区，整肃整编整训华南地区军队，接管华南地区防务。

广东都司治所广州府。下辖广州前卫、广州后卫、广州左卫、广州右卫、南海卫、潮州卫、雷州卫、海南卫、清远卫、惠州卫、肇庆卫、广海卫、砀石卫、神电卫、廉州卫15卫。

以及新会、韶州、南雄、龙川、程乡、德庆、新兴、阳江、高州、儋州、新宁、万州、崖州、增城、东莞、大鹏、香山、连州、河源、长乐、平海、海丰、捷胜、甲子门、大城、海门、靖海、蓬州、澄海、广宁、四会、阳春、海朗、双鱼、宁川、信宜、石城、永安、钦州、灵山、海康、乐民、海安、锦囊、清澜、昌化、南山、泷水、从化、封门、函口、富霖52个千户所。

广西都司治所桂林府城。下辖桂林右卫、桂林中卫、南宁卫、柳州卫、驯象卫、南丹卫、庆远卫、浔州卫、奉议卫9卫。以及梧州、怀集、武缘、古田、贵县、贺县、全州、太平、象州、平乐、郁林、宾州、来宾、富川、容县、融县、灌阳、河池、武宣、向武、五屯屯田千户所、迁江屯田22个千户所。

福建都司治所福州。下辖福州中卫、福州左卫、福州右卫、兴化卫、泉州卫、漳州卫、福宁卫、镇东卫、平海卫、永宁卫、镇海卫11卫，以及大金、定海、梅花、万安、莆禧、福全、金门、中左、高浦、浦城、六鳌、铜山、玄锺、崇武、南诏、龙岩16个千户所。

福建行都司治所建瓯建宁。下辖建宁左卫、建宁右卫、汀州卫、 延平卫、邵武卫5卫，以及将乐、武平、浦城、永安、上杭5个千户所。