鼠疫大爆发与旱灾、蝗灾以及战乱的接踵而至，大明王朝彻底崩塌，女真入主北京。令人惊奇的是，席卷肆虐全国的干旱和鼠疫突然就消散得无影无踪。华北各地风调雨顺，社会经济开始复苏。

明末大鼠疫间接造成了北京的沦陷与大明王朝的灭亡，让女真入主中原。1910年冬天，一场百年不遇的大鼠疫袭击东北。第2年满清灭亡。

天道轮回，苍天饶过谁。

明末大鼠疫深刻地改变了社会秩序、人口结构、政治格局和人文环境。灾荒、疫情、战争，相互影响，相互作用，使得神州大地生灵涂炭，山河破碎。

明清易代之际，因非正常死亡，中国的人口减少了约四五千万。

明末大鼠疫一人感染，全家都会传染，甚至有的全家死绝。亲戚更是不敢上门慰问吊唁，因为只要一进病家门口，必会感染。

等到他回去，又把病毒带回自己家中，疫情死亡率极高，以至于北京九门“日出万棺”。疫情最恐怖最可怕之处，死亡在一瞬间发生，甚至来不及诊断和治疗。

鼠疫是野生啮齿类动物间的一种自然疫源性烈性传染病，如鼠类、旱獭等。人类鼠疫的病例多由跳蚤叮咬或直接接触染疫动物而感染。

鼠疫传染性强，鼠疫患者通过飞沫传播形成人传人。如果不治疗，病死率高达30%至60%。14世纪欧洲鼠疫也称黑死病，造成约5000万人死亡。

人类对鼠疫普遍没有天然免疫力，但病后可获持久免疫力。

治疗鼠疫无特效药，最有效的是链霉素。用黄连、苦参、连翘、大黄、生地、知母六种抗菌中药熬制至一定浓度，对鼠疫有很好的抑制作用。

张锡纯以白虎加人参汤，其中又以山药代粳米,再加玄参，治疗鼠疫症状。

岭南伤寒“四大金刚”中的黎庇留、谭星缘、易巨荪3人合议以升麻鳖甲汤承证加减治疗鼠疫，效果达60至80%。

黄连素对鼠疫菌有抑制作用，黄连素抗菌范围很广，可以治疗胃肠道疾病，是治疗水土不服、痢疾、腹泻的首选良药。

黄连素是从中药黄连中分离的一种季铵生物碱。将黄连原料粉碎,加入硫酸溶液进行乳化,将提取的滤液用石灰乳、浓盐酸、氯化钠调节，即可提取黄连素。

吴有性发明的刺血法以及现代总结的保持清洁卫生、戴口罩、隔离、灭鼠、病死尸体焚烧等办法都能够有效抑制鼠疫。

明末时候的瘟疫除了鼠疫，天花疫情也非常严重。